Trên cơ sở tiềm năng về đa dạng sinh học, cảnh quan tự nhiên, các thành tựu nghiên cứu khoa học lâm nghiệp, kết quả công tác cứu hộ bảo tồn, giá trị văn hóa cộng đồng bản địa và đội ngũ nhân sự không ngừng được nâng cao trình độ và kỹ năng, Cúc Phương đã tổ chức được “hệ sinh thái” du lịch với nhiều chương trình và sản phẩm, nhất là các chương trình tham quan, trải nghiệm, khám phá thiên nhiên, văn hóa bản địa với sứ mệnh giáo dục, nâng cao nhận thức về môi trường, thiên nhiên được Vườn đặc biệt chú trọng. Một số chương trình du lịch nổi bật: thăm Động Người Xưa, các cây cổ thụ, xem chim, xem thú đêm, chinh phục đỉnh cao Mây Bạc – “nóc nhà Cúc Phương”, hành trình xuyên rừng, ngủ bản,… Thời gian gần đây, Tour “Về Nhà – tham gia tái thả động vật sau cứu hộ”, Trồng cây “Thêm xanh cho cánh rừng già” tham gia Chương trình trồng 1 tỷ cây xanh của Chính phủ, Hội xuân Cúc Phương vào dịp Tết Nguyên Đán, “Hành trình hồi sinh” - tham gia quy trình cứu hộ, chăm sóc động vật hoang dã, Bộ Chương trình Giáo dục trải nghiệm thiên nhiên dành cho học sinh phổ thông các cấp,… là những sản phẩm của Vườn đã tạo nên thương hiệu du lịch sinh thái Vườn quốc gia Cúc Phương.