Thủ tướng Chính phủ ban hành Quyết định số 83/TTg ngày 10/11/1992 về phê duyệt luận chứng kinh tế kỹ thuật đầu tư xây dựng Vườn quốc gia Ba Bể, là đơn vị trực thuộc UBND tỉnh Cao Bằng quản lý. Năm 1996, được chuyển giao cho Bộ Nông nghiệp và PTNT quản lý theo Quyết định số 911/TTg ngày 03/12/1996 của Thủ tướng Chính phủ. Năm 2002, được chuyển về UBND tỉnh Bắc Kạn quản lý theo Quyết định số 51/2002/QĐ-TTg ngày 17/4/2002 của Thủ tướng Chính phủ. Vườn quốc gia Ba Bể nằm trên địa giới hành chính 02 huyện Ba Bể và Chợ Đồn của tỉnh Bắc Kạn, cách trung tâm thị trấn Chợ Rã, huyện Ba Bể khoảng 18 km, cách trung tâm tỉnh Bắc Kạn khoảng 70 km và cách Hà Nội khoảng 254 km về phía Bắc.
Thảm thực vật rừng có 4 kiểu chính là: (i) Rừng kín thường xanh mưa ẩm nhiệt đới núi thấp, phân bố ở độ cao dưới 700m, loài cây ưu thế gồm có: Đinh, Lát, Sấu, Hu, Trám, Sồi, ..; (ii) Rừng kín thường xanh mưa ẩm á nhiệt đới núi thấp, phân bố ở độ cao trên 700m, loài ưu thế: Cà ổi, Giổi, Bời lời, Màng tang, Sồi,..; (iii) Rừng kín thường xanh mưa ẩm nhiệt đới trên núi đá vôi, loài ưu thế: Nghiến, Trai, Đinh, Lát hoa, Dẻ, Trám trắng, Thung,…; (iv) Thảm tươi, cây bụi xen cây gỗ rải rác.
Đã ghi nhận 909 loài thuộc 517 chi, 149 họ, 5 ngành, trong đó: có 34 loài trong Sách đỏ Việt Nam; 98 loài thực vật quý hiếm cần được bảo vệ thuộc Nghị định số 06/2019/NĐ-CP, gồm: 04 loài thuộc nhóm IA và 94 loài trong nhóm IIA; có 20 loài trong danh sách các loài cần được bảo vệ theo Danh lục đỏ quốc tế IUCN (2021) và 89 loài theo Phụ lục của Công ước CITES. Đặc biệt có một loài đặc hữu là Trúc dây (Ampelocalamus sp), chỉ phát hiện thấy ở vùng này.
Đã ghi nhận được 316 loài động vật có xương sống trên cạn (40 loài thú, 233 loài chim, 27 loài bò sát và 16 loài lưỡng cư). Đặc biệt, ở đây có phân bố của 02 loài đặc hữu của miền Đông Dương và Nam Trung Quốc là loài Cầy vằn (Chrotogale owston) và Voọc đen má trắng (Trachypithecus francois).
Một số điểm du lịch nổi bật: Ba Bể nổi tiếng là nơi có thắng cảnh đẹp “sơn thủy hữu tình” với Hồ Ba Bể, Thác Đầu Đẳng, Ao Tiên, Động Puông, Động Hua Mạ, Động Tiên, Hang Thẳm Kít, Hang Thẳm Thình, Hang Nà Phoòng, Hang Ba Cửa,... được du khách trong và ngoài nước biết đến từ lâu. Một số tuyến du lịch nổi bật: các tuyến đi thuyền trên hồ Ba Bể và sông Năng; các tuyến đi bộ, đi xe đạp ngắm cảnh, khám phá thiên nhiên.
